菌种的来源
用于有益微生物制剂生产的菌种，其来源途径主要有两条：
一、是根据资料直接向有关科研单位、高等院校、企业或菌种保藏部门索取或购买；
二、是从大自然中分离筛选新的微生物菌种。新菌种的分离是要从混杂的各类微生物中依照生产的要求、菌种的特性，采用各种筛选方法，快速、准确地把所需要的菌种挑选出来。有了优良的菌种，还要有合适的工艺条件和合理先进的设备与之配合。
菌种筛选从自然界中获取菌种，需要经过以下几个步骤：
(一)制定方案
首先要查阅资料，了解所需菌种的生长培养特性。
(二)样
有针对性地采集样品。水产用益菌种选择样本，主要根据生产外用或者内服制剂的不同目的，从养殖池塘的水体、底泥及养殖动物的消化道
(三)增殖
人为地通过控制养分或培养条件，使所需菌种增殖培养后，在数量上占优。为了容易分离到所需的菌种，让无关的微生物至少是在数量上不要增加，可以通过配制选择性培养基，选择一定的培养条件来控制。(四)分离
利用分离技术得到纯种。尽管通过增殖培养效果显著，但还是处于微生物的混杂生长状态，因此还分离纯化。纯种分离的方法常规有划线分离法、稀释分离法。
(四)选
采用与生产相近的培养基和培养条件，通过三角瓶的容量进行小型发酵试验，以求得适合于工业生产用菌种。
(五)毒性试验
自然界的一些微生物在一定条件下产毒，将其作为生产菌种应小心，尤其是作为饲料添加剂的菌种，更应谨慎。
(六)发酵性能测定
进行生产性能测定。这些性能指标包括形态、培养特征、营养要求生理生化特性、发酵周期、产品品种和产量、耐受高温度、生长温度、pH值等。
